O ex-ministro Mendonça Filho posicionou-se contra a proposta do Governo Federal  de tirar de Pernambuco o Arquipelago de Fernando  de Noronha. “Noronha historicamente é território pernambucano e direito garantido pela Constituição de 88, por emenda do saudoso ex-deputado Osvaldo Coelho. É uma riqueza e orgulho de Pernambuco”, defendeu, ao questionar decisão do Governo Federal de protocolar no  Supremo Tribunal Federal um pedido de liminar para que seja declarado que o “domínio sobre o Arquipélago de Fernando de Noronha é de titularidade integral da União”.
Segundo Mendonça, é  público que Noronha não  é  bem administrada pelo consórcio PSB/PT. “O fato de o Governo de Pernambuco, comandado pelo consórcio PSB/PT, não administrar bem um grande e importante patrimônio, reconhecido mundialmente, não dá ao Governo Federal o direito de retirar essa riqueza do povo pernambucano”, argumentou.  Nas suas redes sociais Mendonça postou posicionamento  a favor da manutenção  de Noronha como território pernambucano. O contrato de cessão de uso em condições especiais da Ilha de Fernando de Noronha foi assinado em 2002, entre o então governador Jarbas Vasconcelos, o então presidente Fernando Henrique Cardoso, com o apoio do então vice-presidente pernambucano Marco Maciel (PFL).